Vous avez tellement minimalisé votre installation que les dossiers /Root ainsi que votre /Home sont tout simplement vide. Il n'y a plus de /Bureau /Document /Téléchargement…..
C'est probablement qu'il vous manque le paquet suivant : xdg-user-dirs

Pour les obtenir, vous pouvez installer le paquet suivant :

apt-get install xdg-user-dirs

Ensuite se login dans la session des dossiers perdu donc en simple utilisateur puis dans un terminal, lancer la commande suivante :

xdg-user-dirs-update

et en principe c'est gagné !!!