Bonjour Coltrane99 et bienvenue,
Je n'ai pas de certitudes absolues, mais il me semble que les locales de la machine client s'appliquent aux consoles mais pas forcément aux applications dans les sessions X11; Firefox (FF) utilise l'encodage qu'on lui définit, c'est indépendant des locales.
La solution que je soupçonne pour éviter de toucher à FF consisterait à ré-encoder les fichiers sur le serveur en ISO au lieu d'UTF-8. Je n'ai rien trouvé en effet dans la doc du site de proftpd concernant une possibilité de paramétrage de l'encodage au niveau du serveur. Ça me paraît logique d'ailleurs car le serveur devrait dans ce cas ré-encoder au besoin des fichiers dont il ne maîtrise pas l'encodage d'origine pour correspondre à ce qui est demandé (ou bien faire passer un encodage pour un autre, ce qui à des chances de poser problème).
Je compte sur les autres forumeurs pour me corriger et/ou t'apporter des précisions.