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#1 27-01-2019 04:59:01

Seko
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[Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Bonsoir,


Je me présente :  je suis Seko et un nouveau venu sur Debian.

Je suis aussi un novice en programmation python. J'ai suivi les tutoriels d'openclassroom et je continue de m'instruire.

Je suis confronté à un gros dilemme! kernal_panic.gif

Je préviens en avance, je vais écrire probablement un pavé!

En effet, je me suis procuré Debian très récemment (vendredi dernier pour être plus précis) parce que j'en ai besoin pour installer un logiciel scientifique.

Mais c'est là que ça coince! Malgré toutes mes tentatives, et j'en ai fait beaucoup, cela ne marche pas!

L'auteur du logiciel en question a prévu des scripts d'installation tout prêt à être utilisé. J'ai donc lancé celui de Debian 8 dans une console (j'ai Debian 8.11 Jessie sur mon ordi).

Comme c'est un fichier .sh, j'ai fait  :

bash aws-debian8.sh



Cela m'installe  une tonne de paquets des librairies python mais à la fin. Je n'ai rien. J'ai repéré quelques erreurs d'importation de modules. J'en ai résolu la plupart.


Comme je n'avais rien, j'ai donc décidé d'utiliser un autre script d'installation plus simple, qui demande d'avoir des paquets déjà installés. Comme j'ai pas mal galéré sur le premier script, j'ai normalement tous les paquets adéquats.


Seulement, quand je lance le script, j'ai, dès la première ligne de code, une erreur. J'ai cherché à savoir comment résoudre le problème mais je n'ai rien trouvé. Je n'y comprends rien du tout.

J'ai bien programmé plein de programmes python avant ça mais c'était resté à l'exploitation de données scientifiques. Là, je sèche complètement.

Je vous mets les lignes de code du début avec les commentaires :


#!/bin/bash

# This is a complete installation script for a python virtual environment with PyNX.
# This has been tested on debian 8 and macOS computers.
# It assumes you already have installed :
# - python>=3.4 (>=3.5 recommended)
# - git, cmake, compilers (Xcode with developer tools on macOS)
# - opencl headers and drivers (native on macOS, libraries needed on linux)
# - cuda development tools and drivers (optional)


echo $1
if [ -z $2 ];
then
  echo "No directory or python executable given for installation !";
  echo "Usage: mkenv.sh DIRNAME PYTHON_EXE PYNX_VERSION"
  echo "   with: DIRNAME the name of the new directory to create the python virtual environement, e.g. pynx-env"
  echo "         PYTHON_EXE the name of the python executable, e.g. python3.4"
  echo "         PYNX_VERSION (optional) the git tag for the pynx version to be installed"
  echo "example: mkenv.sh pynx-env python3.5"
  echo "example: mkenv.sh pynx-3.6.2-py36 python3.6 v3.6.2"
  exit
fi



echo
echo "#############################################################################################"
echo " Creating & the destination directory"
echo "#############################################################################################"
echo


if [ -d "$PWD/$1" ]; then
    echo "ERROR: directory $PWD/$1 already exists !"
    echo " Please remove the target directory first."
    exit
fi

if mkdir -p $1;
then
  echo "Installing in: " $1
else
  echo "Cannot install in: " $1
  echo "Exiting"
  exit
fi

cd $1
export BASEDIR=$PWD
echo $BASEDIR

echo
echo "#############################################################################################"
echo " Creating the python virtual environment"
echo "#############################################################################################"
echo
# Create the python virtual environment, without system packages
cd $BASEDIR
if [[ "$OSTYPE" == "darwin"* ]]; then
  # See [url]https://matplotlib.org/faq/osx_framework.html[/url]
  $2 -m venv ./
else
  virtualenv -p $2 ./
fi
 



Je récupère l'erreur suivante :


No directory or python executable given for installation !
Usage: mkenv.sh DIRNAME PYTHON_EXE PYNX_VERSION
   with: DIRNAME the name of the new directory to create the python virtual environement, e.g. pynx-env
         PYTHON_EXE the name of the python executable, e.g. python3.4
         PYNX_VERSION (optional) the git tag for the pynx version to be installed
example: mkenv.sh pynx-env python3.5
example: mkenv.sh pynx-3.6.2-py36 python3.6 v3.6.2
 




C'est déjà là que je bloque. L'installation de ce logiciel me rend fou. Ca fait plusieurs jours que je suis dessus sans succès.


Voili Voilu!


Si des personnes pouvaient de donner un peu d'aide, s'il-vous-plaît, ce serait super parce que je suis vraiment désabusé de bloquer à chaque étape.


En vous remerciant par avance pour votre aide.


Bonne soirée. smile
Edit modération : ajout des balises codes autour des commandes et des retours en suivant ce tuto : https://debian-facile.org/:atelier:colo … syntaxique

Dernière modification par Seko (05-02-2019 12:49:38)


Le succès est fait de 99% d'échec.
-Soichiro Honda-

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#2 27-01-2019 09:56:01

David5647
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Faut pas que tu passes des paramètres au script par hasard?

Usage: mkenv.sh DIRNAME PYTHON_EXE PYNX_VERSION



De plus quelle version de python as-tu?

python3 --version



Tu peux nous donner le lien du logiciel, du script pour qu'on y voit plus clair!

Dernière modification par David5647 (27-01-2019 10:14:32)

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#3 27-01-2019 10:42:17

MicP
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Inscription : 29-02-2016

Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Bonjour Seko

Seko a écrit :

…parce que j'en ai besoin pour installer un logiciel scientifique.…

Donnes nous le nom de ce logiciel

Seko a écrit :

… quand je lance le script, …

et un lien web vers la page dans laquelle tu as trouvé le script dont tu nous as donné un extrait.

=======
Afin d'essayer d'en savoir un peu plus sur le contexte,
donnes nous aussi les références de la machine sur laquelle tu essayes d'installer ce logiciel
et le retour des commandes suivantes :

lsb_release -a

lspci -nn | grep VGA

cat /proc/cpuinfo | grep "model name"

python -V

et aussi, le retour de commande demandé par David5647

=======
Merci.

Dernière modification par MicP (27-01-2019 12:39:26)

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#4 27-01-2019 14:04:53

robert2a
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Bonjour

un rapport avec ceci je suppose  =>  https://debian-facile.org/viewtopic.php … 54#p290854

nota: pour ta remarque sur cuda ne fonctionne que avec du matériel nvidia
pour intel en libre il y a un paquet "beignet" pour OpenCL


OpenCL (Open Computing Language) is a multivendor open standard for
general-purpose parallel programming of heterogeneous systems that include
CPUs, GPUs and other processors.

This package contains the shared library for an Intel implementation,
which supports the integrated GPUs of Ivy Bridge to Coffee Lake
(ix-3xxx to some ix-8xxx) Intel Core and Atom processors.
 


pour le script je te serait pas utile  =>  out.gif

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#5 27-01-2019 21:37:52

Seko
Membre
Distrib. : Debian 9.7 stretch
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Bonsoir,


Merci pour votre aide!

Pour situer le contexte, le logiciel que je tente d'installer s'appelle pynx. C'est un logiciel open source pour calculer la diffraction des rayons X sur les nuages électroniques des atomes. C'est normalement un logiciel open source donc c'est bon si j'en parle ici sur le forum.

Il est trouvable facilement sur Google, ainsi que tous les fichiers pour l'installer.

Voici les autres réponses à vos questions :

lsb_release -a



No LSB modules are available.
Distributor ID: Debian
Description:  Debian GNU/Linux 8.11 (jessie)
Release:  8.11
Codename: jessie
 


########################

lspci -nn | grep VGA
 



00:02.0 VGA compatible controller [0300]: Intel Corporation Device [8086:1921] (rev 0a)



########################

cat /proc/cpuinfo | grep "model name"



model name  : Intel(R) Core(TM) i3-6006U CPU @ 2.00GHz
model name  : Intel(R) Core(TM) i3-6006U CPU @ 2.00GHz
model name  : Intel(R) Core(TM) i3-6006U CPU @ 2.00GHz
model name  : Intel(R) Core(TM) i3-6006U CPU @ 2.00GHz



########################

python -V


Python 2.7.9



python3 --version


Python 3.4.2



########################

En parallèle du script dont je vous ai parlé, j'en ai essayé un autre dédié au Debian 8 spécifiquement et qui m'installe automatiquement tous les paquets nécessaires.

J'ai eu plus de chance parce que ce nouveau script, il a fonctionné jusqu'au bout! smile
J'ai donc pas mal avancé sur l'installation! big_smile

Mais ce n'est pas pour ça que ça a marché.

En effet, à la fin, je dois avoir un fichier.exe que je peux lancer or j'ai recherché partout sur l'ordi, pas de fichier.exe correspondant au logiciel.

Et pour cause, j'ai repéré des erreurs dans les retours de la console.

Il y a trois erreurs qui ont attiré mon attention, les voici. (J'ai mis toutes les lignes de code du terminal, c'est trop long)

Command "/root/pynx-env/bin/python3.4 /root/pynx-env/lib/python3.4/site-packages/pip install --ignore-installed --no-user --prefix /tmp/pip-build-env-k2t5vxpu/overlay --no-warn-script-location --no-binary :none: --only-binary :none: -i https://pypi.org/simple -- setuptools wheel numpy cython" failed with error code 1 in None
 


###########################################


Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-install-exrk211o/pyopencl/
 



###########################################


  File "/root/pynx-env/lib/python3.4/site-packages/setuptools/archive_util.py", line 15, in <module>
    from pkg_resources import ensure_directory, ContextualZipFile
ImportError: cannot import name 'ContextualZipFile'
 



###########################################


Pour la première erreur, pas moyen de savoir ce qui se passe, les recherches sur Internet n'ont rien donné de probant.

La deuxième erreur, j'ai trouvé des exemples sur Internet mais rien de ce que j'ai essayé ne marche dessus.

La troisième erreur, j'ai également trouvé des exemples sur Internet mais la encore, rien à faire, rien ne marche.

J'ai aussi eu des problèmes avec des fichiers et des répertoires qui n'étaient pas trouvés, j'ai mis leur chemin d'accès absolu dans le script et du coup c'est bon.

Voili voilu.

Pour info, à la fin du script spécial Debian 8, ça lance un programme python setup.py qui finalise l'installation mais bon, il a buggé. C'est d'ailleurs le message de la troisième erreur.


Voili voilu!


Le succès est fait de 99% d'échec.
-Soichiro Honda-

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#6 27-01-2019 23:37:12

David5647
Membre
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Seko a écrit :

Il est trouvable facilement sur Google, ainsi que tous les fichiers pour l'installer.


Un lien ça nous arrangerait encore plus! tongue

Je ne sais pas trop pour les erreurs, ce qui me gène, c'est les incohérences :
   - python3 est effectivement en 3.4 sur jessie, mais c'est la version 3.5 qui est recommandée
   - pourquoi un exe pour un programme sous debian?

As tu réessayé le premier script en lui fournissant les paramètres demandés?
Avec le script employé, on pourrait tester...

Dernière modification par David5647 (27-01-2019 23:38:30)

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#7 28-01-2019 08:50:12

chalu
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Bonjour Seko smile
Je te redonne le lien pour la mise en forme des commandes dans les messages https://debian-facile.org/:atelier:colo … syntaxique
Je corrige de nouveau ton deuxième post mais ce serait bien que tu le suives pour le prochain wink
Ça aide la lecture smile

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#8 28-01-2019 11:07:08

phreg
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Bonjour,

Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-install-exrk211o/pyopencl/

semble indiquer un problème avec l'installation d'opencl.Je pense qu'il faut revenir à la base.
Les prérequis sont :
1- python (>=3.4, >=3.5 recommended). Tu as 3.4 ça devrait passer.
2- pip for python package installation
3- already-installed OpenCL libraries
4- nvidia drivers
5- git, cmake and standard development tools (for C/C++/python, depending on the operating system)

Vérifie si les 2, 3 et 4 sont bien installés. Pour le dernier point, c'est bien vague.

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#9 28-01-2019 14:22:27

robert2a
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Bonjour
avec un gpu intel installer en 4 le driver nvidia ça va pas le faire
le driver nvidia risque de ne fournir que OpenGL , pour OpenCL il faudra Cuda

a mon avis il faut voir le prérequis pour le matériel pour ce script

mesa fourni OpenCL mais avec des restrictions , le paquet "beignet" aussi pour intel
mais ce script est il fait pour tourner sur une plateforme GNU Linux  en libre
voila quelques réflexions  roll   =>  out.gif

voila pour moi en nvidia (juste le début) du paquet "clinfo"


clinfo
 


retour


Number of platforms                               1
  Platform Name                                   NVIDIA CUDA
  Platform Vendor                                 NVIDIA Corporation
  Platform Version                                OpenCL 1.2 CUDA 9.1.84
  Platform Profile                                FULL_PROFILE
  Platform Extensions                             cl_khr_global_int32_base_atomics cl_khr_global_int32_extended_atomics cl_khr_local_int32_base_atomics cl_khr_local_int32_extended_atomics cl_khr_fp64 cl_khr_byte_addressable_store cl_khr_icd cl_khr_gl_sharing cl_nv_compiler_options cl_nv_device_attribute_query cl_nv_pragma_unroll cl_nv_copy_opts cl_nv_create_buffer
  Platform Extensions function suffix             NV

  Platform Name                                   NVIDIA CUDA
Number of devices                                 1
  Device Name                                     GeForce GTX 1060 3GB
  Device Vendor                                   NVIDIA Corporation
 



en libre dans synatic en recherche avec le mot clé "opencl" il y a des paquets disponibles en libre
j'ai testé AMD et Intel en libre , juste que la prise en charge n'est pas aussi bonne que avec le propriétaire.
j'ai pas de machine en libre sinon j'aurai posté ce que ça donne

du paquet python-pyopencl


PyOpenCL lets you access the OpenCL parallel computation API from
Python. Here's what sets PyOpenCL apart:
 * Object cleanup tied to lifetime of objects. This idiom, often called
   RAII in C++, makes it much easier to write correct, leak- and
   crash-free code.
 * Completeness. PyOpenCL puts the full power of OpenCL’s API at your
   disposal, if you wish.
 * Convenience. While PyOpenCL's primary focus is to make all of OpenCL
   accessible, it tries hard to make your life less complicated as it
   does so--without taking any shortcuts.
 * Automatic Error Checking. All OpenCL errors are automatically
   translated into Python exceptions.
 * Speed. PyOpenCL’s base layer is written in C++, so all the niceties
   above are virtually free.
 * Helpful, complete documentation and a wiki.
 * Liberal licensing (MIT).
 

Dernière modification par robert2a (28-01-2019 14:36:14)

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#10 28-01-2019 14:56:49

robert2a
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

je sais pas si correct  =>  https://github.com/nx-python/PyNX
=>  http://www.esrf.eu/computing/scientific … EADME.html
remarque: ton gpu intel est mal configuré (mal reconnu) suite a tes retours   roll
=> http://ftp.esrf.eu/pub/scisoft/PyNX/doc/

=> http://ftp.esrf.fr/pub/scisoft/PyNX/

Dernière modification par robert2a (28-01-2019 15:03:49)

Hors ligne

#11 28-01-2019 15:11:23

robert2a
Membre
Distrib. : debian 11
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Inscription : 15-11-2014

Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

j'ai téléchargé l'archive
le txt


# PyNX - Python tools for Nano-structures Crystallography
#   (c) 2018-present : ESRF-European Synchrotron Radiation Facility
#       authors:
#         Vincent Favre-Nicolin, favre@esrf.fr
#
# Requirements for using PyNX using OpenCL and/or CUDA (full installation

# Base dependencies
numpy>=1.5
cython
scipy>=0.17
matplotlib
mako

# This section is not necessary for scattering calculations (pynx.scattering)
scikit-image
h5py
hdf5plugin
silx>=0.6
pillow
lxml
fabio

# This is just necessary for ipython notebooks
ipywidgets
ipympl
ipython
notebook

# OpenCL specific part
pyopencl>=2017
# gpyfft requires the clfft library to be installed first
gpyfft>=0.7

# CUDA specific part
pycuda>=2017
# gpyfft requires the clfft library to be installed first
gpyfft>=0.7
 



il faut nvidia-driver + cuda
a mon avis uniquement en driver propriétaire

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#12 28-01-2019 15:16:42

robert2a
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

voila le script d'installation pour debian9 ou 10


# !/bin/bash

############################# NOTES
# An 8Gb image is not large enought to install all the requirements (CUDA toolkit) and libraries.
# 20Gb suggested for test, plus what is needed for data

# This is an installation of debian 10 (Buster, testing as of 03/2018) from the AWS Debian 9 image

############################# Upgrade to debian 10 ##########################################

sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade -y
sudo apt-get dist-upgrade -y
sudo apt-get clean

sed -i 's/stretch/buster/g' /etc/apt/sources.list

echo "deb http://httpredir.debian.org/debian/ buster contrib non-free" >> buster-contrib-nonfree-backports.list
sudo mv buster-contrib-nonfree-backports.list /etc/apt/sources.list.d/

sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade -y         # INTERACTIVE
sudo apt-get dist-upgrade -y    # INTERACTIVE

############################# Install base packages ##########################################

sudo apt-get install -y git cmake vim xauth x11-apps fftw3 fftw3-dev aptitude g++ eog rsync

# We install matplotlib to get all graphical packages dependencies, it will be later installed in the virtualenv
sudo apt-get install -y python3-matplotlib python3-virtualenv virtualenv python3-dev

########################## nVidia packages (not availble yet for stretch) #######################################
sudo apt-get install -y nvidia-driver nvidia-smi libcuda1 nvidia-cuda-dev nvidia-cuda-toolkit clinfo    # INTERACTIVE

sudo apt-get autoremove -y
sudo apt-get clean

# Needed to activate drivers and deactivate nouveau
sudo  reboot                                      # REBOOT

# Need manual install of nvidia kernel module ? WHY ??
sudo dkms autoinstall -m nvidia
sudo modprobe nvidia

########################### NEW USER
sudo adduser pynx                       # INTERACTIVE: enter password

sudo apt-get install fail2ban -y        # More secure
sudo vim /etc/fail2ban/jail.conf        # need to whitelist esrf and epn-campus
    => ignoreip = 127.0.0.1/8 ::1 160.103.0.0/16 193.49.0.0/16

sudo service fail2ban restart

sudo vim /etc/ssh/sshd_config           # INTERACTIVE: Enable PasswordAuthentication

sudo service sshd restart

############### The following should be done as the user who will do the calculations, or a shared directory

# Use the 'install-pynx-venv.sh' script for installation

su - pynx
cd
wget http://ftp.esrf.fr/pub/scisoft/PyNX/install-scripts/install-pynx-venv.sh
chmod +x install-pynx-venv.sh
./install-pynx-venv.sh pynx-env python3.6
 

Hors ligne

#13 28-01-2019 15:40:06

robert2a
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

il y a des fichiers de tous les cotés  hmm
ceci va me donner tord le fichier install.rst
le début


Generic Instructions
====================
*PyNX* is focused on using Graphical Processing Units (GPU) for faster calculations, so you will need:
* a GPU (which can be an integrated GPU)
* an OpenCL installation (drivers and libraries)

Optionally, you can also use CUDA (which can give better performance, notably when using 3D FFT), which
requires CUDA drivers and development tools (nvcc)
 



juste les performances avec un gpu intégré dans le cpu les performances seront moins bonnes
par contre sûrement possible en libre mais ton script ne convient pas

je suppose qu il faut commencer par le setup.py

Conclusion:
il faut commencer par mettre ta machine en état (prise en charge du matériel ).
pourquoi Jessie et pas Stretch ? 
ta machine a quel âge ?

Dernière modification par robert2a (28-01-2019 15:48:09)

Hors ligne

#14 28-01-2019 16:56:27

Seko
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Bonjour,



Merci pour toutes vos réponses, j'y vois plus clair.

Alors déjà je vais faire l'effort de mettre moi-même de la coloration dans les lignes de code que je poste. big_smile

J'avais pas compris comment faire en fait.

Donc pour les questions que vous avez posées :

- Ce logiciel peut-être trouvé dans le lien http://ftp.esrf.fr/pub/scisoft/PyNX/
J'y ai téléchargé le dossier : pynx-latest.tar.bz2     >>>>>>> y'a tout dedans!

-J'ai lu les scripts aws-debian8.sh et install-pynx-venv.sh et j'ai essayé les deux en faisant :

bash nom-du-script



- install-pynx-venv.sh bugg dès le début comme vous avez vu et je comprends pas ce que je dois modifier pour que ça marche

- aws-debian8.sh a mieux marché. Seulement j'ai les erreurs que j'ai postés lors de mon dernier post sur le site.

- Le fait que j'ai choisi debian 8 pour installer et non le debian 9 ,c'est cette ligne de commentaire dans le script install-pynx-venv.sh :

# This has been tested on debian 8 and macOS computers.



En gros, vu que ça a été testé sur le Debian 8, je me suis dit que ce serait plus facile en prenant le même système d'exploitation. Mais en vrai, c'est pas simple!
Du coup, je songe à désinstaller Debian 8 pour avoir Debian 9 dans le pire des cas.

et même :

# THIS IS NOT YET FUNCTIONAL AS DEBIAN9 DOES NOT HAVE GCC5, NEEDED FOR (PY)CUDA WITH CUDA8...
# TODO: TRY INSTALLING NVIDIA DRIVERS / CUDA9 FROM SOURCE ?



- Pour répondre à David5647 sur le premier script install-pynx-venv.sh, je ne sais absolument pas quoi écrire dessus en entrée, c'est de la programmation système et c'est pour moi le côté obscur smile En gros, je sais pas comment m'en sortir sur ce script.

- aws-debian8.sh marche mieux mais ce n'est pas la panacée. Il demande notamment à la fin faire s'exécuter le fichier setup.py pour finaliser l'installation. Seulement, il plante. J'ai regardé setup.py et je n'y comprends rien du tout. C'est encore de la programmation système?

- Dans tous les cas de figure, je supprime les lignes de code qui importent des paquets Nvidia et Cuda (parce que Cuda ça marche sur des cartes graphiques Nvidia or moi j'ai une Intel HD).

- Je supprime aussi les lignes de code qui font qu'on crée un profil utilisateur sur un serveur Gitlab parce que je ne peux pas le faire. Il faut une adresse mail spéciale venant d'un laboratoire.




Voili voilu smile


Je vous remercie encore pour votre aide! Je n'abandonne pas la bataille avec ce logiciel! Je gagnerai coûte que coûte! Même si je dois y laisser des plumes!

Voili Voilu!

Est-ce vous avez des idées avec les informations que j'ai apportées dans ce post, s'il-vous-plaît?

Dernière modification par Seko (28-01-2019 16:57:14)


Le succès est fait de 99% d'échec.
-Soichiro Honda-

Hors ligne

#15 28-01-2019 17:26:17

robert2a
Membre
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Il faut une installation propre
prise en charge complète du gpu intel , 2D et 3D , OpenGL , OpenCL , Mesa , Beignet
tu a des utilitaires comme mesa-utils (glxinfo -B) , clinfo pour vérifier
nota: Vulkan prend en charge le gpu intel aussi même si il n'est pas utile pour ce projet
si ta machine est moderne préférer KMS (modeset) du noyau plutôt que le paquet de X (xserver-xorg-video-intel )
quand ta machine est bien configuré tu peu commencer a faire l'installation
voila les caractéristiques de ton cpu  => https://ark.intel.com/fr/products/91157 … e-2-00-GHz-
si ton gpu (IGP) est bien identifié (comme ceci)


lspci -nn | grep VGA
 



01:00.0 VGA compatible controller [0300]: NVIDIA Corporation GM206 [GeForce GTX 960] [10de:1401] (rev a1)
 


comme ton #5 c'est mauvais


00:02.0 VGA compatible controller [0300]: Intel Corporation Device [8086:1921] (rev 0a)
 


avec stretch et le paquet "firmware-misc-nonfree" a installer tu verra ça ira beaucoup mieux.
après a toi de jouer pour l'installation wink
nota: pour python a partir de stretch  il y a eu des modifications sur les versions et certains paquets mais ils te proposent un script pour stretch donc je pense pas un souci

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#16 28-01-2019 22:59:04

David5647
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Salut,

bon je voulais répondre avant, mais j'ai du me trouver un instant pour lancer les scripts dans une machine virtuelle toute neuve (debian 9 par contre)
Je pense que robert2a pourra t'aider pour les dépendances et gestion de carte graphique, celles-ci étant optionnelles d'après ce que j'ai vu, tu peux tenter l'installation quand même, ça devrait pas bloquer.

Pour ma part, sur une debian 9 toute fraiche :
1 - Téléchargement de pynx-latest.tar.bz2
2 - Décompression de l'archive
3 - Contruction de la doc :

cd pynx/doc/


sudo apt install sphinx-common


J'ai choisi de la construire avec latex :

sudo apt install latex-make


make latexpdf


Voilà ça pourra aider plus tard!

4 - installation du l'environnement :

cd pynx/install-scripts/


Tu choisi le dossier d'installation, tu précise ta version de python, pour ma part :

./install-pynx-venv.sh PyNX_dossier python3.5


Et voilà! l'environnement est installé!

5 - installation du soft :

cd pynx/


./install-scripts/aws-debian9.sh


=> Installations de paquets en tout genre, la machine reboot...
Bon, je crois qu'il y a encore des choses à faire après, mais essaie déjà ça...

Dernière modification par David5647 (28-01-2019 23:06:42)

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#17 28-01-2019 23:52:25

MicP
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Bonjour

Vu les PCI-IDs (8086:1921), la carte graphique est une Intel HD Graphics 520

Je pense qu'il vaudrait mieux faire une installation fonctionnelle de debian 9.7 (stretch)
avec tous les fichiers firmware nécessaires pour cette machine
et pour OpenCL, installer les paquetages beignet-opencl-icd et python-pyopencl

Avec debian 9.7 (stretch), python3 sera en version 3.5.3

Il faudra lancer la commande proposée dans les commentaires du script :

mkenv.sh pynx-env python3.5

avant de lancer le script

install-pynx-venv.sh

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#18 29-01-2019 07:37:26

robert2a
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Bonjour

je suis a la dernière ligne du script d'installation pour debian 9/10  sur Buster (en cuda avec une GTX750TI).
tout a été correct jusqu'a


./install-pynx-venv.sh pynx-env python3.6
 


avec le message traduit


OpenCL est nécessaire pour la plupart des applications - Vérifiez vos en-têtes opencl et votre accès Internet en cas d'échec du pip
   Vous pouvez continuer si vous n’avez pas de GPU et souhaitez seulement faire des tests avec le CPU (beaucoup plus lent
Press Ctrl-C to abort, or RETURN to continue
 


j'ai choisi "abort" pour cuda mais possible de continuer
je vais suivre vos conseil , pour python je comprends pas grand chose.

une question sur fail2ban on met ou la liste blanche "need to whitelist esrf and epn-campus" (le seul truc que j'ai pas fait )
ps: j'ai utilisé "apt-get -s --reinstall install" pour chaque ligne pour vérifié , tout a été correct. (tout noté sur un fichier texte des retours )
je me retrouve avec un user "pynx" dans son dossier personnel et cette commande au dessus a faire "./install-pynx-venv.sh pynx-env python3.6 " et le message d'erreur au dessus

voila  smile

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#19 29-01-2019 09:19:03

robert2a
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

ma première erreur travailler en ssh sur la machine , cuda mal installé , je n'arrive pas a créer la documentation etc  ............
pour cuda c'est ok


Number of platforms                               2
  Platform Name                                   NVIDIA CUDA
  Platform Vendor                                 NVIDIA Corporation
  Platform Version                                OpenCL 1.2 CUDA 9.1.84
  Platform Profile                                FULL_PROFILE
  Platform Extensions                             cl_khr_global_int32_base_atomics cl_khr_global_int32_extended_atomics cl_khr_local_int32_base_atomics cl_khr_local_int32_extended_atomics cl_khr_fp64 cl_khr_byte_addressable_store cl_khr_icd cl_khr_gl_sharing cl_nv_compiler_options cl_nv_device_attribute_query cl_nv_pragma_unroll cl_nv_copy_opts cl_nv_create_buffer
  Platform Extensions function suffix             NV

  Platform Name                                   Clover
  Platform Vendor                                 Mesa
  Platform Version                                OpenCL 1.1 Mesa 18.3.2
  Platform Profile                                FULL_PROFILE
  Platform Extensions                             cl_khr_icd
  Platform Extensions function suffix             MESA
 



juste ceci  => dans le "other"  =>   "4U" avec des caractères "?" pas cool .



NULL platform behavior
  clGetPlatformInfo(NULL, CL_PLATFORM_NAME, ...)  NVIDIA CUDA
  clGetDeviceIDs(NULL, CL_DEVICE_TYPE_ALL, ...)   Success [NV]
  clCreateContext(NULL, ...) [default]            Success [NV]
  clCreateContext(NULL, ...) [other]              4U
  clCreateContextFromType(NULL, CL_DEVICE_TYPE_DEFAULT)  No platform
  clCreateContextFromType(NULL, CL_DEVICE_TYPE_CPU)  No devices found in platform
  clCreateContextFromType(NULL, CL_DEVICE_TYPE_GPU)  No platform
  clCreateContextFromType(NULL, CL_DEVICE_TYPE_ACCELERATOR)  No devices found in platform
  clCreateContextFromType(NULL, CL_DEVICE_TYPE_CUSTOM)  Invalid device type for platform
  clCreateContextFromType(NULL, CL_DEVICE_TYPE_ALL)  No platform

ICD loader properties
  ICD loader Name                                 OpenCL ICD Loader
  ICD loader Vendor                               OCL Icd free software
  ICD loader Version                              2.2.12
  ICD loader Profile                              OpenCL 2.2
 


pour la partie cuda cela devrait être correct , a priori ne fonctionne pas avec mesa (j'ai installé tous les paquets relatif a python-pyopencl et headers opencl)
je continue  roll

sur Buster je n'arrive pas erreur sur python (avec pip  ).
ou je sais pas faire
toujours l'erreur comme quoi cuda n'est pas trouvé


python --version
 



Python 2.7.15+
 



python3 --version
 



Python 3.7.2
 



ma commande


./install-pynx-venv.sh pynx-env python3.7.2
 

Dernière modification par robert2a (29-01-2019 10:15:53)

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#20 29-01-2019 10:36:03

robert2a
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

avec le scipt pour stretch je bloque ici


pip install mako pyopencl h5py hdf5plugin silx pillow lxml fabio pycuda scikit-cuda pyopengl pyqt5 --upgrade
 



Failed building wheel for pyopencl
Failed building wheel for pycuda
 



un souci de version de python3 ?

Dernière modification par robert2a (29-01-2019 10:47:57)

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#21 29-01-2019 10:59:04

Seko
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Bonjour,



Merci pour tous vos retours! smile

Alors je n'ai pas tout saisi mais je sais à peu près comment je vais m'organiser. 

Je vais faire une installation propre du logiciel sur Debian 8  une dernière fois en prenant en compte les paquets Mesa et beignet. Si j'ai bien compris.

Si ça marche toujours pas, je vais changer de système d'exploitation et passer à un Linux Debian 9 et faire les manips que vous m'avez conseillées pour l'installation.
Je sais pas si c'est très indiqué dans mon cas de figure mais je pense même aller à la vitesse supérieure et passer directement sur un debian 10 puisque c'est la dernière version stable. Si vous pensez que je devrais me limiter à un debian 9, n'hésitez pas à me le dire.

Sinon, je n'ai pas compris la réponse de David5647 qui utilise Latex et sphinx-common. J'ai fait quelques recherches dessus mais je n'ai pas compris à quoi ça sert dans le processus d'installation. Désolé si je suis un peu long à la détente ^^. Je ne suis pas encore un programmeur expérimenté, je me classe en tant que grand débutant.

Mais je m'instruis petit à petit, j'ai des bouquins en python 3 depuis quelques mois et j'apprends de mes erreurs sur l'installation de ce logiciel. big_smile

Je vous tiens au courant de l'évolution de mes tentatives d'installation. smile



Encore merci pour tous vos retours et votre aide.



Voili voilu! smile

Le succès est fait de 99% d'échec.
-Soichiro Honda-

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#22 29-01-2019 11:53:19

robert2a
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

je te conseille stretch 9  et le script pour stretch

pour ta machine tu a juste a installer le firmware , beignet , mesa-utils clinfo
ce qui donne


apt-get install firmware-misc-nonfree beignet mesa-utils clinfo
 



pour éviter d'installer plusieurs fois le même paquet et de le passer en installé manuellement utilise l'option "--reinstall install"
pour simuler avant ; l'option-s => "-s --reinstall install"
dans le cas ou tu fais ligne par ligne les commandes (et pas par le script d'installation)

la réponse de David5647 , pour créer une doc pdf avec latex mais j'ai pas réussi  roll  tongue  .

je suis encore plus mauvais que toi juste la curiosité  (j'ai bidouillé un peu python avec le framboise "PI3" et quelques livres aussi ).

ps: évite Buster10

Dernière modification par robert2a (29-01-2019 11:56:58)

Hors ligne

#23 29-01-2019 12:14:22

David5647
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Jusqu'ici, il n'est pas encore vraiment question de python, c'est du bash!
le script fait  plusieurs choses :
  - il installe des paquets debian, pour le support des gpu notamment
  - il installe des bibliothèques python
  - il créé un environnement python, c-à-d qu'il créé une installation virtuelle, un dossier dans lequel les bibliothèques python ont une version spécifique pour éviter qu'une màj du système casse tout et que plusieurs versions de ces dernières puissent cohabiter. Là, c'est effectivement un peu plus spécifique à python.

Pour la doc, il faut la construire, la compiler, un peu comme un paquet source.
Il doit y avoir plusieurs outils pour la construire, sphinx en est un. (sphinx-build - Sphinx documentation generator tool)
Comment ai-je fais pour savoir qu'il fallait construire la doc? J'ai utilisé ma méthode de prédilection : la méthode empirique tongue

ls pynx/doc/


changelog.rst  conf.py  index.rst  install.rst  Makefile  modules  scripts


Ok, il y a une Makefile => ça doit se compiler (je ne sais pas si le terme est exact...)

cat Makefile | head


# Makefile for Sphinx documentation
#

# You can set these variables from the command line.
SPHINXOPTS    =
SPHINXBUILD   = sphinx-build
PAPER         =
BUILDDIR      = ybuild

# User-friendly check for sphinx-build


Ok, faut utiliser sphinx big_smile

Si je tente un :

make


Please use `make <target>' where <target> is one of
  html       to make standalone HTML files
  dirhtml    to make HTML files named index.html in directories
  singlehtml to make a single large HTML file
  pickle     to make pickle files
  json       to make JSON files
  htmlhelp   to make HTML files and a HTML help project
  qthelp     to make HTML files and a qthelp project
  applehelp  to make an Apple Help Book
  devhelp    to make HTML files and a Devhelp project
  epub       to make an epub
  epub3      to make an epub3
  latex      to make LaTeX files, you can set PAPER=a4 or PAPER=letter
  latexpdf   to make LaTeX files and run them through pdflatex
  latexpdfja to make LaTeX files and run them through platex/dvipdfmx
  text       to make text files
  man        to make manual pages
  texinfo    to make Texinfo files
  info       to make Texinfo files and run them through makeinfo
  gettext    to make PO message catalogs
  changes    to make an overview of all changed/added/deprecated items
  xml        to make Docutils-native XML files
  pseudoxml  to make pseudoxml-XML files for display purposes
  linkcheck  to check all external links for integrity
  doctest    to run all doctests embedded in the documentation (if enabled)
  coverage   to run coverage check of the documentation (if enabled)
 

Je vois la liste des possibilité, je veux du pdf, j'aime bien latex => latexpdf cool
Bon j'ai un peu tatonné, ptetre qu'il y a une étape que j'ai pas noté, un paquet, une commande...
Ce n'est en aucun cas nécessaire à l'installation, mais ça peut aider à l'usage de ce dernier^^


Je pense comme robert2a, utilise préférentiellement stretch (debian 9), le script (debian9to10 à l'air très différent des autres)

Dernière modification par David5647 (29-01-2019 12:19:58)

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#24 29-01-2019 12:28:45

robert2a
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

sur Buster cela donne ceci (toujours la même erreur )


pynx@opteron:~$ export BASEDIR=$PWD
pynx@opteron:~$ cd $BASEDIR
pynx@opteron:~$ mkdir -p pynx-env
pynx@opteron:~$ python3 --version
Python 3.7.2

pynx@opteron:~$ virtualenv -p python3.7 pynx-env/
Running virtualenv with interpreter /usr/bin/python3.7
Using base prefix '/usr'
/usr/lib/python3/dist-packages/virtualenv.py:1090: DeprecationWarning: the imp module is deprecated in favour of importlib; see the module's documentation for alternative uses
  import imp
New python executable in /home/pynx/pynx-env/bin/python3.7
Also creating executable in /home/pynx/pynx-env/bin/python
Installing setuptools, pkg_resources, pip, wheel...done.
pynx@opteron:~$ source pynx-env/bin/activate

source pynx-env/bin/activate
(pynx-env) pynx@opteron:~$ pip install --upgrade pip setuptools wheel
Requirement already up-to-date: pip in ./pynx-env/lib/python3.7/site-packages (19.0.1)
Requirement already up-to-date: setuptools in ./pynx-env/lib/python3.7/site-packages (40.7.1)
Requirement already up-to-date: wheel in ./pynx-env/lib/python3.7/site-packages (0.32.3)

Successfully installed MarkupSafe-1.1.0 PyWavelets-1.0.1 Send2Trash-1.5.0 backcall-0.1.0 bleach-3.1.0 cloudpickle-0.7.0 cycler-0.10.0 cython-0.29.3 dask-1.1.0 decorator-4.3.2 defusedxml-0.5.0 entrypoints-0.3 ipykernel-5.1.0 ipython-7.2.0 ipython-genutils-0.2.0 jedi-0.13.2 jinja2-2.10 jsonschema-2.6.0 jupyter-client-5.2.4 jupyter-core-4.4.0 kiwisolver-1.0.1 matplotlib-3.0.2 mistune-0.8.4 nbconvert-5.4.0 nbformat-4.4.0 networkx-2.2 notebook-5.7.4 numpy-1.16.0 pandocfilters-1.4.2 parso-0.3.2 pexpect-4.6.0 pickleshare-0.7.5 pillow-5.4.1 prometheus-client-0.5.0 prompt-toolkit-2.0.8 ptyprocess-0.6.0 pygments-2.3.1 pyparsing-2.3.1 python-dateutil-2.7.5 pyzmq-17.1.2 scikit-image-0.14.2 scipy-1.2.0 six-1.12.0 terminado-0.8.1 testpath-0.4.2 toolz-0.9.0 tornado-5.1.1 traitlets-4.3.2 wcwidth-0.1.7 webencodings-0.5.1

compilation terminated.
    error: command 'x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1
   
    ----------------------------------------
Command "/home/pynx/pynx-env/bin/python3.7 -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/user/1001/pip-install-zx1v9a1t/pyopencl/setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code, __file__, 'exec'))" install --record /tmp/user/1001/pip-record-hbikhxc0/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /home/pynx/pynx-env/include/site/python3.7/pyopencl" failed with error code 1 in /tmp/user/1001/pip-install-zx1v9a1t/pyopencl/
 


je suis en user "pynx" dans /home/pynx
l'activation de l'environnement ce passe bien
juste un avertissement pour "import imp"

et les erreurs pour opencl et cuda

ps : donc éviter buster  roll

Dernière modification par robert2a (29-01-2019 12:32:32)

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#25 29-01-2019 15:58:32

robert2a
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

je n'arrive pas a prendre en compte opencl et cuda
je sais pas l'utiliser , mais il me semble qu il y a un test
j'ai commenté le début et la fin du script (avec #) pour ne pas toucher a nvidia/cuda et réinstaller les paquets (logiciel) sur debian et recréer l'utilisateur "pynx", et la fin il faut créer un compte pour le projet et récupérer une simulation je suppose .

le script de buster (9 to 10) est mauvais .

ps; j'ai testé python 3.5 , 3.6 et 3.7 même résultat.
le script ce fait en "utilisateur" , le cas ou il demande le mot de passe root "su - pynx" ou par "sudo"
par contre pas compris le fait de créer un compte "pynx" sur la machine et l'utilisation de ssh.

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