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#26 29-01-2019 18:02:53

robert2a
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

j'ai trouvé mon bug , activé mesa-icd et nvidia-icd pas une bonne idée , mon #19

clinfo ne me renvoie plus qu'une plateforme


Number of platforms                               1
  Platform Name                                   NVIDIA CUDA
  Platform Vendor                                 NVIDIA Corporation
  Platform Version                                OpenCL 1.2 CUDA 9.1.84
  Platform Profile                                FULL_PROFILE
 



mais la compilation de pyopencl et pycuda bug toujours
faudrait tester sur stretch ( j'ai plus de 300Mo sur l'environnement et bien avec python3.7 )

Hors ligne

#27 30-01-2019 19:29:28

Seko
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Bonjour,


J'ai un peu avancé. Je m'explique.

J'ai viré debian 8 et ai installé la dernière version, la debian 9.7.

J'ai installé python-pip et python3-pip.

J'ai installé manuellement : numpy scipy matplotlib cython scikit-image h5py hdf5plugin silx fabio ipython notebook pyopencl git cmake mako mesa mesa-utils beignet beignet-dev opencl-headers opencl. (manips de robert2a)

J'ai fait les manips de David5647. Par contre, je les ai fait en root.

Voilà :

cd pynx/doc/



apt install sphinx-common



apt install latex-make



make latexpdf



cd pynx/install-scripts/



./install-pynx-venv.sh PyNX_dossier python3.5



cd pynx/



./install-scripts/aws-debian9.sh



Ca a plutôt bien marché smile

Mais j'ai vu des erreurs de compilation : les voici :

 Building wheel for pyopencl (setup.py) ... error
  Complete output from command /usr/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-install-MCA6ak/pyopencl/setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code, __file__, 'exec'))" bdist_wheel -d /tmp/pip-wheel-4mzICT --python-tag cp27:
  ---------------------------------------------------------------------------
  Pybind11 is not installed.
  ---------------------------------------------------------------------------
  Very likely, the build process after this message will fail.
 
  Simply press Ctrl+C and type
  python -m pip install pybind11
  to fix this. If you don't, the build will continue
  in a few seconds.
 
  [1] https://pybind11.readthedocs.io/en/stable/
  ---------------------------------------------------------------------------
  Continuing in 1 seconds...    




In file included from src/wrap_cl.hpp:86:0,
                   from src/wrap_constants.cpp:27:
  src/wrap_helpers.hpp:31:31: fatal error: pybind11/pybind11.h: Aucun fichier ou dossier de ce type
   #include <pybind11/pybind11.h>
                                 ^
  compilation terminated.
  error: command 'x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1
 




Select method to download PyNX: git (if you have a https://gitlab.esrf.fr account) or ftp (no login required):
1) ftp
2) git
#? ftp
#? 1
./install-pynx-venv.sh: ligne 182: curl : commande introuvable
tar (child): pynx-latest.tar.bz2 : open impossible: Aucun fichier ou dossier de ce type
tar (child): Error is not recoverable: exiting now
tar: Child returned status 2
tar: Error is not recoverable: exiting now
No tag given - using git pynx master head
running install
running bdist_egg
running egg_info
creating PyNX.egg-info



In file included from src/wrap_cl.hpp:86:0,
                 from src/wrap_constants.cpp:27:
src/wrap_helpers.hpp:31:31: fatal error: pybind11/pybind11.h: Aucun fichier ou dossier de ce type
 #include <pybind11/pybind11.h>
                               ^
compilation terminated.
error: Setup script exited with error: command 'x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1
On a lancé en plus de gpyfft, le fichier setup.py
On fait l'installation de pynx
On lance setup.py
running install
running bdist_egg
running egg_info



Voilà c'est toutes les erreurs que j'ai pu voir.
J'ai quand même testé dans un fichier python pour voir si ça marchait mais c'est bizarre. Voilà ce qui se passe... hmm

Je mets dans un fichier.py le code suivant :

# -*- coding: utf-8 -*-

print ("On vérifie l'installation de pynx comme toolkit pour des programmes")

try:
    import pynx.scattering
    print ("pynx.scattering est installé")
except:
    print("pynx.scattering n'est pas installé")
   
try:
    import pynx.ptycho
    print("pynx.pycho est installé")
except :
    print("pynx.ptycho n'est pas installé")

try:
    import pynx.wavefront
    print("pynx.wavefront est installé")
except:
    print("pynx.wavefront n'est pas installé")
   
try:
    import pynx.cdi
    print("pynx.cdi est installé")
except:
    print("pynx.cdi n'est pas installé")
   



Je l'exécute avec spyder ce qui me donne :

On vérifie l'installation de pynx comme toolkit pour des programmes
pynx.scattering est installé
pynx.ptycho n'est pas installé
pynx.wavefront n'est pas installé
pynx.cdi n'est pas installé
 



Déjà là c'est pas très cool...

Ensuite je lance le même fichier.py dans la console avec :

python fichier.py



Ce qui me donne :

On vérifie l'installation de pynx comme toolkit pour des programmes
pynx.scattering est installé
pynx.ptycho n'est pas installé
pynx.wavefront n'est pas installé
pynx.cdi n'est pas installé




Puis j'essaye :

python3 fichier.py



Ce qui me donne :

On vérifie l'installation de pynx comme toolkit pour des programmes
pynx.scattering n'est pas installé
pynx.ptycho n'est pas installé
pynx.wavefront n'est pas installé
pynx.cdi n'est pas installé
 



Ce qui m'échappe c'est que je peux lancer 1 seule sous-librairie de pynx parmi les quatre et seulement en python 2.x.
Rien ne marche avec python 3.x.

C'est extrêmement bizarre! hmm

Est-ce vous auriez des idées pour m'aider, s'il-vous-plaît?


Merci par avance. smile

Dernière modification par Seko (30-01-2019 19:32:10)


Le succès est fait de 99% d'échec.
-Soichiro Honda-

Hors ligne

#28 30-01-2019 20:00:37

robert2a
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

pour ceci tu fais la commande donné


python -m pip install pybind11
 


c'est expliqué ici


Simply press Ctrl+C and type
  python -m pip install pybind11
  to fix this. If you don't, the build will continue
  in a few seconds.
 



ce qui donne


Appuyez simplement sur Ctrl + C et tapez
   python -m pip installer pybind11
   pour résoudre ce problème. Si vous ne le faites pas, la construction continuera
   dans quelques secondes.
 



pour les commandes python


python3
 


retour


Python 3.7.2 (default, Jan  3 2019, 02:55:40)
[GCC 8.2.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>
 



pour python2 tu tape simplement "python" tu rentre tes commandes python a la suite de ">>> "

pour la version de python installé j'ai regardé directement dans les dossiers "environnement"

et prend l' habitude de travailler en "user" pas en root
idem l'installation (a part les paquets de debian) se fait en "user" pour pip et pip3 (c'est noté au début du script)
j'ai tout fait me connectant sur le compte "pynx"
tu efface ton dossier environnement et tu recommence  wink
quand tu crée l'environnement précise ta version de python sur la machine (le script par défaut installe la 3.5 pour python3 j'ai modifié en 3.7 pour Buster)

Dernière modification par robert2a (30-01-2019 20:02:15)

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#29 31-01-2019 13:55:41

Seko
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Bonjour,



J'ai suivi vos indications mais il y a des bugs qui sont coriaces. Je ne sais pas comment les résoudre.

Suite à ma dernière tentative, j'ai posté les erreurs dans mon dernier post.

J'ai fait une nouvelle tentative parce qu'à priori, le build pyopencl échoue à cause de pynbind11.h qui est introuvable.:/

Déjà, voici ce que me rend la console :

    building 'pyopencl._cl' extension
    creating build/temp.linux-x86_64-3.5
    creating build/temp.linux-x86_64-3.5/src
    x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -fwrapv -Wall -O3 -DNDEBUG -g -fdebug-prefix-map=/build/python3.5-3.5.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fPIC -DPYGPU_PACKAGE=pyopencl -DPYGPU_PYOPENCL=1 -Ipybind11/include -I/home/neko/Bureau/Logiciels/pynx-latest/pynx/install-scripts/PyNX_ENVIRONNEMENT/include/site/python3.5 -I/home/neko/Bureau/Logiciels/pynx-latest/pynx/install-scripts/PyNX_ENVIRONNEMENT/include/site/python3.5 -I/home/neko/Bureau/Logiciels/pynx-latest/pynx/install-scripts/PyNX_ENVIRONNEMENT/lib/python3.5/site-packages/numpy/core/include -I/home/neko/Bureau/Logiciels/pynx-latest/pynx/install-scripts/PyNX_ENVIRONNEMENT/lib/python3.5/site-packages/numpy/core/include -I/home/neko/Bureau/Logiciels/pynx-latest/pynx/install-scripts/PyNX_ENVIRONNEMENT/lib/python3.5/site-packages/numpy/core/include -I/usr/include/python3.5m -I/home/neko/Bureau/Logiciels/pynx-latest/pynx/install-scripts/PyNX_ENVIRONNEMENT/include/python3.5m -c src/wrap_constants.cpp -o build/temp.linux-x86_64-3.5/src/wrap_constants.o -fvisibility=hidden -DVERSION_INFO="2018.2.2" -std=c++14 -fvisibility=hidden
    In file included from src/wrap_cl.hpp:86:0,
                     from src/wrap_constants.cpp:27:
    src/wrap_helpers.hpp:31:31: fatal error: pybind11/pybind11.h: Aucun fichier ou dossier de ce type
     #include <pybind11/pybind11.h>
                                   ^
    compilation terminated.
    error: command 'x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1
   
    ----------------------------------------
Command "/home/neko/Bureau/Logiciels/pynx-latest/pynx/install-scripts/PyNX_ENVIRONNEMENT/bin/python3.5 -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-install-jax8ecv6/pyopencl/setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code, __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-record-63skjfds/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /home/neko/Bureau/Logiciels/pynx-latest/pynx/install-scripts/PyNX_ENVIRONNEMENT/include/site/python3.5/pyopencl" failed with error code 1 in /tmp/pip-install-jax8ecv6/pyopencl/
pyopencl installation failed - OpenCL WILL NOT BE AVAILABLE !
  OpenCL is needed for most applications - Check your opencl headers and your internet access if pip failed
  You can proceed if you do not have a GPU and wish only to make tests using the CPU (much slower)

 



Alors j'ai bien sûr suivi les conseils de Robert2a et j'ai tout fait en mode user smile

Mais j'ai cette erreur de compilation dès l'étape de l'environnement virtuel où je lance la commande :

./install-pynx-venv.sh PyNX_nomDuDossier python3.5.3



Je retrouve la même erreur si je continue le script et que je passe à l'étape où je lance :

./install-scripts/aws-debian9.sh



Du coup, sur ma tentative d'aujourd'hui, je me suis arrêté à la  première étape vu qu'elle est déjà critique... yikes


J'ai tapé dans google, "  pybind11/pybind11.h: Aucun fichier ou dossier de ce type" pour voir si c'était un truc résolu et bah... c'est pas si sûr en fait...

Plusieurs personnes se sont heurtées au même problème et je n'ai pas trouvé dans le tas de réponse qui me satisfasse. Surtout, qu'à mon niveau, j'y comprenais que pouic neutral

J'ai essayé des trucs quand même mais ça ne fonctionne pas :

J'ai d'abord désinstallé pybind11 pour le réinstaller correctement.

sudo pip uninstall pybind11
python -m pip install pybind11



Apparemment, de ce j'ai pu voir sur le net, ce problème est dû à une installation de pybind11 avec pip.

Seulement, voilà, la version de pip à l'époque était la 9.x et la mienne est :

pip --version
pip 19.0.1 from /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pip (python 2.7)
 



pip3 --version
pip 9.0.1 from /usr/lib/python3/dist-packages (python 3.5)
 



Je parle bien de la version 9.x de pip et non de pip3. Ce qui me laisse perplexe. neutral

Je vous mets quelques liens de mes recherches au cas où :

https://github.com/tbenthompson/cppimport/issues/2

https://github.com/pypa/pip/issues/3696

https://github.com/nmslib/nmslib/issues/307



Du coup, je ne sais pas quoi faire... Je suis coincé.


Auriez-vous des suggestions, s'il-vous-plaît?



Merci par avance.

Dernière modification par Seko (31-01-2019 13:57:27)


Le succès est fait de 99% d'échec.
-Soichiro Honda-

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#30 31-01-2019 14:10:02

David5647
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

si tu installes pybind11 en root (console root ou sudo),
tu ne pourras pas lancer avec ton user, pip s'utilise en user
et si tu installes une bibliothèque en python3 c'est pip3 qu'il faut utiliser

Hors ligne

#31 31-01-2019 20:04:33

robert2a
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Bonjour

j'ai ceci (en version sur Buster)

pynx@opteron:~/Documents/pynx/pynx-env$ pip --version
pip 19.0.1 from /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pip (python 2.7)


et ceci

pynx@opteron:~/Documents/pynx/pynx-env$ pip3 --version
pip 18.1 from /usr/lib/python3/dist-packages/pip (python 3.7)


le contenu de pynx-env

pynx@opteron:~/Documents/pynx/pynx-env$ ls
bin  dev  include  lib  lib64  share


je pourrai pas t' aider plus sur ce script , ça dépasse mes compétences et je sais si pas c'est le script qui est mauvais ou moi roll

nota: je suis connecté en ssh sur l'utilisateur pynx (pas trop d'importance il semble) plus d' écran sur la machine

Hors ligne

#32 01-02-2019 15:36:29

David5647
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Bon, j'ai cru que j'avais réussi, mais je suis un peu paumé, on peut tenter ça aussi :

pip3 install pynx-latest.tar.bz2


Processing ./pynx-latest.tar.bz2
Collecting cython (from PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/2f/a3/ab68c915773126ef8d07d35b041d47a27ace46383b0733e1cca3bec89e74/Cython-0.29.3-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl (2.0MB)
    100% |████████████████████████████████| 2.0MB 682kB/s
Collecting fabio (from PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/a3/86/3efec836f4585e5ef6f807b62c6fd660b3e9b9034eefdb210bba6b3a3105/fabio-0.8.0-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl (1.6MB)
    100% |████████████████████████████████| 1.6MB 668kB/s
Collecting h5py (from PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/4c/77/c4933e12dca0f61bcdafc207c7532e1250b8d12719459fd85132f3daa9fd/h5py-2.9.0-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl (2.8MB)
    100% |████████████████████████████████| 2.8MB 508kB/s
Collecting hdf5plugin (from PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/cf/a9/3616bc97c566d0d375dfcf362cbd5dcedebfe55cec1fb86585d1aa8bd463/hdf5plugin-1.4.1-py2.py3-none-any.whl (215kB)
    100% |████████████████████████████████| 215kB 1.8MB/s
Collecting matplotlib (from PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/ad/4c/0415f15f96864c3a2242b1c74041a806c100c1b21741206c5d87684437c6/matplotlib-3.0.2-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl (12.9MB)
    100% |████████████████████████████████| 12.9MB 139kB/s
Collecting numpy>=1.5 (from PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/ad/15/690c13ae714e156491392cdbdbf41b485d23c285aa698239a67f7cfc9e0a/numpy-1.16.1-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl (17.2MB)
    100% |████████████████████████████████| 17.2MB 84kB/s
Collecting scikit-image (from PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/82/73/4fbb789c741daf2530a96c74d37f2143162c30d512e68ac6cf3bbb9bf3dc/scikit_image-0.14.2-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl (25.2MB)
    100% |████████████████████████████████| 25.3MB 60kB/s
Collecting scipy>=0.17 (from PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/ab/19/c0ad5b9183ef97030edd6297d1726525ff2c369a09fbb6ea52a1e616ffd6/scipy-1.2.0-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl (26.5MB)
    100% |████████████████████████████████| 26.5MB 63kB/s
Collecting setuptools (from PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/14/43/4f6ccba67890ad39c3d5c736dd0de3b122bf252ee4e5b4ea3d900990d64d/setuptools-40.7.2-py2.py3-none-any.whl (574kB)
    100% |████████████████████████████████| 583kB 1.2MB/s
Collecting silx (from PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/11/23/6f256ccc05e1e2f25f7df301c0dcd97a1a0631fc3303fb2b8359d620bf2a/silx-0.9.0-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl (9.1MB)
    100% |████████████████████████████████| 9.1MB 195kB/s
Collecting six (from h5py->PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/73/fb/00a976f728d0d1fecfe898238ce23f502a721c0ac0ecfedb80e0d88c64e9/six-1.12.0-py2.py3-none-any.whl
Collecting python-dateutil>=2.1 (from matplotlib->PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/74/68/d87d9b36af36f44254a8d512cbfc48369103a3b9e474be9bdfe536abfc45/python_dateutil-2.7.5-py2.py3-none-any.whl (225kB)
    100% |████████████████████████████████| 235kB 1.9MB/s
Collecting cycler>=0.10 (from matplotlib->PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/f7/d2/e07d3ebb2bd7af696440ce7e754c59dd546ffe1bbe732c8ab68b9c834e61/cycler-0.10.0-py2.py3-none-any.whl
Collecting kiwisolver>=1.0.1 (from matplotlib->PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/7e/31/d6fedd4fb2c94755cd101191e581af30e1650ccce7a35bddb7930fed6574/kiwisolver-1.0.1-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl (949kB)
    100% |████████████████████████████████| 952kB 913kB/s
Collecting pyparsing!=2.0.4,!=2.1.2,!=2.1.6,>=2.0.1 (from matplotlib->PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/de/0a/001be530836743d8be6c2d85069f46fecf84ac6c18c7f5fb8125ee11d854/pyparsing-2.3.1-py2.py3-none-any.whl (61kB)
    100% |████████████████████████████████| 71kB 1.4MB/s
Collecting pillow>=4.3.0 (from scikit-image->PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/8b/e9/5c47710fe383f0582da668302a80a6355fe15c2ce2dde89b50fe34acefa6/Pillow-5.4.1-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl (2.0MB)
    100% |████████████████████████████████| 2.0MB 676kB/s
Collecting PyWavelets>=0.4.0 (from scikit-image->PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/24/3a/08106f608c5aceced7cd5c628f509f0a10214132a30ca99f5115121f902d/PyWavelets-1.0.1-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl (4.4MB)
    100% |████████████████████████████████| 4.4MB 293kB/s
Collecting networkx>=1.8 (from scikit-image->PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/f3/f4/7e20ef40b118478191cec0b58c3192f822cace858c19505c7670961b76b2/networkx-2.2.zip (1.7MB)
    100% |████████████████████████████████| 1.7MB 769kB/s
Collecting cloudpickle>=0.2.1 (from scikit-image->PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/34/80/66d06012248d7a8d3caf8c52937d435371336fb1161eb919ff6a57dccc70/cloudpickle-0.7.0-py2.py3-none-any.whl
Collecting dask[array]>=1.0.0 (from scikit-image->PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/7c/2b/cf9e5477bec3bd3b4687719876ea38e9d8c9dc9d3526365c74e836e6a650/dask-1.1.1-py2.py3-none-any.whl (701kB)
    100% |████████████████████████████████| 706kB 860kB/s
Collecting decorator>=4.3.0 (from networkx>=1.8->scikit-image->PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/f1/cd/7c8240007e9716b14679bc217a1baefa4432aa30394f7e2ec40a52b1a708/decorator-4.3.2-py2.py3-none-any.whl
Collecting toolz>=0.7.3; extra == "array" (from dask[array]>=1.0.0->scikit-image->PyNX==2018.2.0)
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/14/d0/a73c15bbeda3d2e7b381a36afb0d9cd770a9f4adc5d1532691013ba881db/toolz-0.9.0.tar.gz (45kB)
    100% |████████████████████████████████| 51kB 3.9MB/s
Building wheels for collected packages: PyNX, networkx, toolz
  Running setup.py bdist_wheel for PyNX ... done
  Stored in directory: /home/david/.cache/pip/wheels/e0/61/b9/4516ed0cc082595710343590bc9ac44edb28abd0342dcf990b
  Running setup.py bdist_wheel for networkx ... done
  Stored in directory: /home/david/.cache/pip/wheels/68/f8/29/b53346a112a07d30a5a84d53f19aeadaa1a474897c0423af91
  Running setup.py bdist_wheel for toolz ... done
  Stored in directory: /home/david/.cache/pip/wheels/f4/0c/f6/ce6b2d1aa459ee97cc3c0f82236302bd62d89c86c700219463
Successfully built PyNX networkx toolz
Installing collected packages: cython, numpy, setuptools, fabio, six, h5py, hdf5plugin, python-dateutil, cycler, kiwisolver, pyparsing, matplotlib, pillow, scipy, PyWavelets, decorator, networkx, cloudpickle, toolz, dask, scikit-image, silx, PyNX
Successfully installed PyNX-2018.2.0 PyWavelets-1.0.1 cloudpickle-0.7.0 cycler-0.10.0 cython-0.29.3 dask-1.1.1 decorator-4.3.2 fabio-0.8.0 h5py-2.9.0 hdf5plugin-1.4.1 kiwisolver-1.0.1 matplotlib-3.0.2 networkx-2.2 numpy-1.16.1 pillow-5.4.1 pyparsing-2.3.1 python-dateutil-2.7.5 scikit-image-0.14.2 scipy-1.2.0 setuptools-40.7.2 silx-0.9.0 six-1.12.0 toolz-0.9.0
 


tout simplement!

Essaie de reparcourir la doc,  il te faudra surement l'installer dans l'environnement virtuel. Il te faut aussi install OpenCL/CUDA  cf la doc 6.1 Dependencies

Dernière modification par David5647 (01-02-2019 16:29:08)

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#33 01-02-2019 16:41:46

Seko
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Bonjour,


Alors suite à mes dernières tentatives, je suis allé chercher dans TOUS les scripts qui composent la bibliothèque pynx. J'en ai bavé. kernal_panic.gif

Je me suis alors laissé dire que beaucoup d'erreurs étaient liés entre autres à un problème de syntaxe!

En effet, j'ai repéré dans les différents scripts une ligne qui pose problème :

 def op(self, p: Ptycho):
                  ^
SyntaxError: invalid syntax




Le

p : Ptycho

bug à tire larigot. Je me suis donc mis comme objectif de retirer cette erreur de syntaxe manuellement, un par un, ces trucs-là.


Sauf que j'ai vu que David5647 avait publié un nouveau post avec cette ligne de code toute simple :

pip3 install pynx-latest.tar.bz2



Ni une, ni deux, je l'essaye dans la foulée. Et boum! J'obtiens ça :

pip3 install pynx-latest.tar.bz2
Processing ./pynx-latest.tar.bz2
Collecting cython (from PyNX==2018.2.0)
  Cache entry deserialization failed, entry ignored
  Cache entry deserialization failed, entry ignored
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/2f/a3/ab68c915773126ef8d07d35b041d47a27ace46383b0733e1cca3bec89e74/Cython-0.29.3-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl (2.0MB)
    100% |████████████████████████████████| 2.0MB 144kB/s
Collecting fabio (from PyNX==2018.2.0)
  Cache entry deserialization failed, entry ignored
  Cache entry deserialization failed, entry ignored
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/a3/86/3efec836f4585e5ef6f807b62c6fd660b3e9b9034eefdb210bba6b3a3105/fabio-0.8.0-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl (1.6MB)
    100% |████████████████████████████████| 1.6MB 263kB/s
Collecting h5py (from PyNX==2018.2.0)
  Cache entry deserialization failed, entry ignored
  Cache entry deserialization failed, entry ignored
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/4c/77/c4933e12dca0f61bcdafc207c7532e1250b8d12719459fd85132f3daa9fd/h5py-2.9.0-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl (2.8MB)
    100% |████████████████████████████████| 2.8MB 133kB/s
Collecting hdf5plugin (from PyNX==2018.2.0)
  Cache entry deserialization failed, entry ignored
  Cache entry deserialization failed, entry ignored
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/cf/a9/3616bc97c566d0d375dfcf362cbd5dcedebfe55cec1fb86585d1aa8bd463/hdf5plugin-1.4.1-py2.py3-none-any.whl (215kB)
    100% |████████████████████████████████| 215kB 160kB/s
Collecting matplotlib (from PyNX==2018.2.0)
  Cache entry deserialization failed, entry ignored
  Cache entry deserialization failed, entry ignored
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/ad/4c/0415f15f96864c3a2242b1c74041a806c100c1b21741206c5d87684437c6/matplotlib-3.0.2-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl (12.9MB)
    100% |████████████████████████████████| 12.9MB 56kB/s
Collecting numpy>=1.5 (from PyNX==2018.2.0)
  Cache entry deserialization failed, entry ignored
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/ad/15/690c13ae714e156491392cdbdbf41b485d23c285aa698239a67f7cfc9e0a/numpy-1.16.1-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl (17.2MB)
    100% |████████████████████████████████| 17.2MB 49kB/s
Collecting scikit-image (from PyNX==2018.2.0)
  Cache entry deserialization failed, entry ignored
  Cache entry deserialization failed, entry ignored
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/82/73/4fbb789c741daf2530a96c74d37f2143162c30d512e68ac6cf3bbb9bf3dc/scikit_image-0.14.2-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl (25.2MB)
    100% |████████████████████████████████| 25.3MB 36kB/s
Collecting scipy>=0.17 (from PyNX==2018.2.0)
  Cache entry deserialization failed, entry ignored
  Cache entry deserialization failed, entry ignored
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/ab/19/c0ad5b9183ef97030edd6297d1726525ff2c369a09fbb6ea52a1e616ffd6/scipy-1.2.0-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl (26.5MB)
    100% |████████████████████████████████| 26.5MB 34kB/s
Collecting setuptools (from PyNX==2018.2.0)
  Cache entry deserialization failed, entry ignored
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/14/43/4f6ccba67890ad39c3d5c736dd0de3b122bf252ee4e5b4ea3d900990d64d/setuptools-40.7.2-py2.py3-none-any.whl (574kB)
    100% |████████████████████████████████| 583kB 183kB/s
Collecting silx (from PyNX==2018.2.0)
  Cache entry deserialization failed, entry ignored
  Cache entry deserialization failed, entry ignored
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/11/23/6f256ccc05e1e2f25f7df301c0dcd97a1a0631fc3303fb2b8359d620bf2a/silx-0.9.0-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl (9.1MB)



Bon à part les lignes de "Cache entry deserialization failed, entry ignored", pas d'erreurs en rouge flashy ou d'autres trucs peu réjouissants du même type.

Du coup, je teste avec mon code fait maison :

python3 EssaiPynxDansGedit.py




# -*- coding: utf-8 -*-

print ("On vérifie l'installation de pynx comme toolkit pour des programmes")


try:
    import pynx
    print ("pynx est installé")
except:
    print("pynx n'est pas installé")
   

try:
    import pynx.scattering
    print ("pynx.scattering est installé")
except:
    print("pynx.scattering n'est pas installé")
   
try:
    import pynx.ptycho
    print("pynx.pycho est installé")
except :
    print("pynx.ptycho n'est pas installé")

try:
    import pynx.wavefront
    print("pynx.wavefront est installé")
except:
    print("pynx.wavefront n'est pas installé")
   
try:
    import pynx.cdi
    print("pynx.cdi est installé")
except:
    print("pynx.cdi n'est pas installé")
   



Ce qui me donne dans la console :


On vérifie l'installation de pynx comme toolkit pour des programmes
pynx est installé
pynx.scattering est installé
pynx.pycho est installé
pynx.wavefront est installé
pynx.cdi est installé



WTF! ça marche!!!!!!

Du coup, j'essaye le même avec :

python EssaiPynxDansGedit.py



Ce qui donne :

On vérifie l'installation de pynx comme toolkit pour des programmes
pynx est installé
pynx.scattering est installé
pynx.ptycho n'est pas installé
pynx.wavefront n'est pas installé
pynx.cdi n'est pas installé
 



Bon... Petit problème! Mais ce n'est pas important étant donné que je travaille principalement en python 3. Du coup, ça passe.

Si quelqu'un a une explication cependant, je suis prêt à l'entendre parce que je cherche aussi à comprendre ce que je fais.

Moi je pense que c'est à cause des erreurs de syntaxe dont j'ai discuté plus haut mais à vérifier. Il y a aussi ce truc avec pybind11 qui a également peut-être un rôle à jouer...

Mais bon... Ce ne sont que des suppositions.

De toute façon, il me semble que dans tous les scripts, il est dit que les toolkits pynx s'utilisent avec python 3.x et non python 2.x. (Corrigez moi si je dis une bêtise).

Du coup, à moins que je sois une chèvre en codage python, je pense que là j'ai installé pynx, étant donné que mon script EssaiPynxDansGedit.py fonctionne.


Je voudrais remercier tous ceux qui m'ont aidé à la résolution de ce problème, et plus particulièrement robert2a et David5647 qui m'ont bien aidé. smile

J'aurais cependant quelques petites questions à poser :

1- David5647, comment en es-tu arrivé à cette solution aussi simple mais aussi fiable? "pip3 install pynx-latest.tar.bz2" a marché du premier coup! Quelle a été ta démarche de réflexion?

2- Est-ce que c'est grave ces erreurs de code " Cache entry deserialization failed, entry ignored " ? C'est au cas où... parce que maintenant je vais utiliser les bibliothèques pynx pour faire des simulations dans un cadre scientifique.

3- Est-ce que mon code EssaiPynxDansGedit.py est valide pour dire que pynx est installé? (==> je pense que oui)

4- Comment ça se fait que la personne qui m'a donné à installer pynx m'a dit de faire ça avec les scripts d'installation? Quel était l'intérêt si il y avait une autre solution?

5- J'ai oublié ma dernière question hmm


J'attends vos retours avant de passer la discussion en [Résolu].


Merci. smile

Dernière modification par Seko (01-02-2019 17:54:11)


Le succès est fait de 99% d'échec.
-Soichiro Honda-

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#34 01-02-2019 17:30:17

David5647
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Re : [Résolu] Script d'installation logiciel ne marche pas

Un éclair dans ma mémoire, je code un peu en python et j'ai déjà installé des paquets comme ça (c'est la façon de faire de python en fait (tu peux installer les fichier requirement.txt de la même façon))
C'est juste que ça faisait très longtemps et que je suis parti bille en tête sur les scripts. La documentation python est très complète, une simple recherche genre "install python package" renvoit https://packaging.python.org/tutorials/ … -packages/, des fois, il faut laisser reposer ses idées et revenir un peu plus tard, histoire de voir un peu plus large big_smile). Une commande équivalente doit être réalisée dans le scripts, mais j'avoue ne pas connaître plus que ça le système de construction des packages.

Cependant, je suppose que les scripts font un peu près tout, création de l'environnement, installation des dépendances,  des drivers gpu, installation de pynx, Peut-être de manque t-il encore des choses, à voir à l'essai. La méthode ici n’exécute pas les scripts dans install-scripts. Essaie de voir pour créer un environnement pour l'installation, histoire que ça reste en l'état longtemps.

Je ne comprend pas bien l'erreur sur pybind11. J'ai des erreurs aussi à l’exécution des scripts. A défaut je t'ai proposé cette commande, peut-etre n'est ce pas la bonne marche à suivre. Demande à la personne qui t'as fournis le lien quel script lancer et dans quel répertoire.

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