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#1 21-09-2021 10:22:58

paul_bedaine
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[Résolu] boot très lent, fsck failed, et divers symptômes

Bonjour

Depuis 48 heures, je cherche à comprendre (et résoudre) un problème de démarrage très lent (plus de sept minutes) de Debian Buster, suivi de quelques problèmes tels que :

- une fois démarré, je suis en mode console – et impossible de lancer une session graphique avec startx.
- pas de connection au réseau.
- quand je lance une commande avec sudo, il faut attendre deux ou trois dizaines de secondes pour que s'affiche l'invite demandant le mot de passe.

Comme ça fait une grosse année seulement que j'utilise Debian (et que je découvre l'informatique), n'hésitez pas à me signaler tous les points obscurs dans ce qui suit. Plutôt que de repartir de zéro en réinstallant tout, je préfère essayer de comprendre. Donc voilà quelques éléments :

Voilà ce qui s'affiche au démarrage (recopié à la main) :

cryptsetup : sda3_crypt: set up successfully
/dev/mapper/paul–vgroot: clean, 744306/60481536 files, 106276354/241922048 blocks
INIT: version 2.93 booting
[info] Using makefile-style concurrent boot in runlevel S.
[ ok ] Starting hotplug event dispatcher: systemd-udevd.
[ ok ] Synthesizing the initial hotplug events (subsystems)...done.
[ ok ] Synthesizing the initial hotplug events (devices)...done.
[....] Waiting for /dev to be fully populated... [  61.265291] kvm: disabled by bios
[  61.307284] kvm: disabled by bios
[  61.365253] kvm: disabled by bios
[  61.425236] kvm: disabled by bios
done.
[ ok ] Setting up keyboard layout...done.
[ ok ] Cleaning up temporary files... /tmp
[ ok ] Starting early crypto disks...sda3_crypt (running)...done.
[info] Loading kernel module lp.
[info] Loading kernel module ppdev.
[info] Loading kernel module parport_pc.
[ ok ] Setting up LVM Volume Groups...done.
[ ok ] Starting remaining crypto disks...sda3_crypt (running)...done.
[....] Checking file systems...fsck from util-linux 2.33.1
fsck.fat 4.1 (2017-01-24)
/dev/sda1: 8 files, 839/130812 clusters
/dev/sda2: clean, 388/62496 files, 16040/249856 blocks
open: No such file or diretory
fsck.fat 4.1 (2017-01-24)
fsck exited with status code 6
failed (code 6)
[FAIL] File system check failed. A log is being saved in /var/log/fsck/checkfs is that location is writable. Please repair the file system manually. ... failed!
[warn] A maintenance shell will now be started. CONTROL-D will terminate this shell and resume system boot. ... (warning).
Give root password for maintenance
(or press Control-D to continue):



J'appuie sur Control-D et ensuite :

[ ok ] Mounting local filesystems...done.
[ ok ] Activating swapfile swap...done.
[ ok ] Cleaning up temporary files...
[ ok ] Starting: AppArmor[....] $Mounting securityfs on /sys/kernel/security.
[....] Loading AppArmor profiles...Skipping profile in /etc/apparmor.d/disable: usr.bin.thunderbird done.
. ok
[ ok ] Starting Setting kernel variables: sysctl.
[ ok ] Configuring network interfaces...done.
[ ok ] Cleaning up temporary files....
[ ok ] Setting up ALSA...done.
[ ok ] Setting up X socket directories... /tmp/.X11-unix /tmp/.ICE-unix.
INIT: Entering runlevel: 2
[ ok ]
[info] Using makefile-style concurrent boot in runlevel 2.
[ ok ] Starting enhanced syslogd: rsyslogd.
[ ok ] Starting system message bus: dbus.



[ Ici, plus d'une minute de pause, puis ]

Turning on process accounting, file set to '/var/log/account/pacct'.
[ ok ] Done..
[ ok ] Starting anac(h)ronistic cron: anacron.
[ ok ] Starting deferred execution scheduler: atd.
[....] Starting Avahi mDNS/DNS-SD Daemon: avahi-daemonTimeout reached while wating for return value
Could not receive return value from daemon process.



[ Ici, plus d'une minute de pause, puis ]

(warning).
[ ok ] Starting bluetooth: bluethoothd.
[ ok ] Setting up console font and keymap...done.
[ ok ] Starting periodic command scheduler: cron.
[ ok ] Starting Common Unix Printing System: cupsd.
[ ok ] Starting CUPS Bonjour daemon: cups-browsed.
[ ok ] Starting LVM2 poll daemon: lvmpolld
[FAIL] Starting MariaDB database server: mysqld . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . failed!



[ Ici, plus d'une minute de pause, puis ]


[ ok ] Starting NetBIOS name server: nmbd.
[ ok ] Starting PostrgreSQL 11 database server: main



[ Ici, plus d'une minute de pause, puis ]

[ ok ] Starting SANE network scanner server: saned.
[ ok ] Starting Mail Transport Agent (MTA): sendmail



[ Ici, plus d'une minute de pause, et enfin ]

[ ok ] Starting SMB/CIFS daemon:smbd
[FAIL] startpar: service(s) returned failure: mysql plymouth ... failed!



Quelques sorties de commande :

startx


Entre autres lignes :

waiting for X server to begin accepting connections (EE) Server terminated with error (1).


Et :

xinit: giving up
xinit: unable to connect to X server: Connection reset by peer
xinit: server error



systemctl


System has not been booted with systemd as init system (PID 1). Can't operate.
Failed to connect to bus: L'hôte cible est arrêté ou en panne



/etc/init.d/mysql start


[ OK ] Starting MariaDB database server: mysqld already running



journalctl


No journal files were found
--No entries--



ping debian-facile.org


ping: debian-facile.org: Nom ou service inconnu



La commande `ifconfig` n'affiche que l'interface `lo`. Wifi et Ethernet n'y sont pas.

Si je lance `ip link`, les trois interfaces `lo`, `eno1` et `wlo1` y sont, mais les deux dernières sont en `state DOWN`.

ifup eno1


ifup: unknown interface eno1



Je prends une clé live Ubuntu pour lancer `fsck`.

Comme j'avais des volumes chiffrés, ça donne ça dans Ubuntu :

cryptsetup luksOpen /dev/sda3 _dev_sda3
lvscan #(pour trouver le chemin à fournir à fsck)
fsck -fy /dev/paul-vg/root



Longue sortie de commande de `fsck`, avec dans les dernières lignes :

/dev/mapper/paul–vg-root: **** le système de fichiers a été modifié ****



Mais quand je redémarre Debian, rien ne change, j'ai le même message qu'avant, avec une exception, la ligne concernant MariaDb:

[ OK ] Starting MariaDB database server: mysqld
ERROR 1405 (28000): Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: NO)



Je ne suis pas sûr que ce changement soit dû à la passe de `fsck`. C'est peut-être dû à la commande `/etc/init.d/mysql start` lancée plus tôt.

J'ai aussi édité le fichier /etc/systemd/system.conf ainsi :

LogLevel=debug
Logtarget=syslog-or-kmsg



Ce qui fait qu'au redémarrage il y a une floppée de lignes dans `/var/log/syslog`, dans lesquelles je ne sais pas trop quoi filter.

À toutes fins utiles une sortie de `dmesg` datant d'hier soir : https://debian-facile.org/paste-FB4104184A

Voilà, donc je ne sais pas trop ni quoi faire, ni où regarder. Quelques pistes ? Merci !

Dernière modification par paul_bedaine (22-09-2021 08:21:41)

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#2 21-09-2021 12:53:28

raleur
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Re : [Résolu] boot très lent, fsck failed, et divers symptômes

Quelques observations.

1) fsck coince sur /dev/sda1 qui semble être en FAT (partition système EFI ?). Réparer /dev/mapper/paul–vg-root n'avancera à rien.

fsck /dev/sda1


On peut voir le contenu de /etc/fstab ?

2) Le système démarre avec le gestionnaire d'init traditionnel sysvinit et non systemd. Est-ce normal, sachant que Debian installe systemd par défaut depuis la version 8 ou 9 au moins ? Les commandes spécifiques à systemd (systemctl, journalctl...) sont donc inopérantes, et je suis étonné que /etc/systemd/system.conf soit pris en compte.

3) Le délai entre 4s et 46s a partir du démarrage semble causé par le générateur pseudo-aléatoire qui manque peut-être d'entropie. L'installation du paquet haveged est un moyen possible de l'éviter.

Dernière modification par raleur (21-09-2021 12:58:17)


Il vaut mieux montrer que raconter.

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#3 21-09-2021 14:42:33

paul_bedaine
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Re : [Résolu] boot très lent, fsck failed, et divers symptômes

Merci pour ta réponse !

raleur a écrit :

1) fsck coince sur /dev/sda1 qui semble être en FAT (partition système EFI ?). Réparer /dev/mapper/paul–vg-root n'avancera à rien.



Le fsck depuis la clé live donne les même lignes que sur l'écran de démarrage :

fsck /dev/sda1


fsck de util-linux 2.34
fsck.fat 4.1 (2017-01-24)
/dev/sda1: 8 files, 839/130812 clusters



On peut voir le contenu de /etc/fstab ?



Voici :

# <file system> <mount point>   <type>  <options>       <dump>  <pass>
/dev/mapper/paul--vg-root /               ext4    errors=remount-ro 0       1
# /boot was on /dev/sda2 during installation
UUID=1ca4e648-80ee-4821-94e2-4c72abf6e738 /boot           ext2    defaults        0       2
# /boot/efi was on /dev/sda1 during installation
UUID=A080-5565  /boot/efi       vfat    umask=0077      0       1
/dev/mapper/paul--vg-swap_1 none            swap    sw              0       0
/dev/sr0        /media/cdrom0   udf,iso9660 user,noauto     0       0

# clé sandisk
UUID=7EF5-2092 /media/paul/usb  vfat user,noauto 0 2




2) Le système démarre avec le gestionnaire d'init traditionnel sysvinit et non systemd. Est-ce normal, sachant que Debian installe systemd par défaut depuis la version 8 ou 9 au moins ? Les commandes spécifiques à systemd (systemctl, journalctl...) sont donc inopérantes, et je suis étonné que /etc/systemd/system.conf soit pris en compte.



Non, ce n'est pas normal. Comme c'était ma première installation de Debian, j'ai probablement des choix hasardeux (volume chiffré), mais je ne pense pas avoir choisi cela, ni voulu le changer d'ailleurs. J'avais bêtement conclu, de la présence de /etc/systemd/system.conf, que le système démarrait avec systemd ; mais ce n'est pas le cas. (systemd est d'ailleurs bien installé sur la machine.)

Il faudrait que repasse, d'une façon ou d'une autre, à systemd par défaut ?

(edit : je viens de tester vite fait la modif de grub indiquée ici : https://wiki.debian.org/fr/systemd#Configurer_pour_test – ajouter `init=/lib/systemd/systemd` dans les paramètre de grub. Du coup le système démarre vite, les commandes sudo vont vite, `journalctl` et `systemctl` fonctionnent ; mais toujours pas de session graphique, ni de réseau. Je vais tâcher de creuser ce soir.)

3) Le délai entre 4s et 46s a partir du démarrage semble causé par le générateur pseudo-aléatoire qui manque peut-être d'entropie. L'installation du paquet haveged est un moyen possible de l'éviter.



Ok, je vais approfondir ça.

Dernière modification par paul_bedaine (21-09-2021 15:31:28)

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#4 21-09-2021 15:37:43

raleur
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Re : [Résolu] boot très lent, fsck failed, et divers symptômes

Je me suis trompé, ce n'est pas la vérification de la partition EFI qui échoue mais celle de la clé USB Sandisk définie dans /etc/fstab avec la valeur 2 pour le 6e champ (pass), je suppose parce qu'elle n'est pas branchée. Si cette clé USB n'est pas branchée en permanence au démarrage, il ne faut pas forcer la vérification avec la valeur 1 ou 2, donc mettre 0 ou rien.

paul_bedaine a écrit :

Comme c'était ma première installation de Debian, j'ai probablement des choix hasardeux (volume chiffré), mais je ne pense pas avoir choisi cela, ni voulu le changer d'ailleurs.


On ne peut pas choisir le gestionnaire d'init avec l'installateur officiel de Debian, c'est forcément systemd. Pour le remplacer par sysvinit, il faut vraiment le faire exprès soit en installant une version modifiée (Devuan), soit en installant le paquet sysvinit-core (qui va remplacer le paquet systemd-sysvinit), soit en installant le paquet sysvinit et en l'utilisant explicitement comme gestionnaire d'init en passant le paramètre init=/lib/sysvinit/init à la ligne de commande du noyau dans GRUB.

Vérifie lesquels de ces paquets sont installés, et le contenu de la ligne de commande du noyau dans /proc/cmdline.

Dernière modification par raleur (21-09-2021 15:40:34)


Il vaut mieux montrer que raconter.

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#5 21-09-2021 17:35:33

paul_bedaine
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Re : [Résolu] boot très lent, fsck failed, et divers symptômes

raleur a écrit :

Je me suis trompé, ce n'est pas la vérification de la partition EFI qui échoue mais celle de la clé USB Sandisk définie dans /etc/fstab avec la valeur 2 pour le 6e champ (pass), je suppose parce qu'elle n'est pas branchée. Si cette clé USB n'est pas branchée en permanence au démarrage, il ne faut pas forcer la vérification avec la valeur 1 ou 2, donc mettre 0 ou rien.



J'ai l'impression que c'est à la fois ça et pas ça. Il me semble que le "noauto" suffit (cf le man : "no auto : do not mount when "mount -a" is given (e.g., at boot time)" Mon /etc/fstab n'a pas bougé depuis des mois ; et dans le doute je viens de tester un démarrage sur une machine où /etc/fstab contient même ligne (avec Buster aussi), et qui démarre sans problème.

Cela dit : une fois que je passe, comme tu le conseilles, le dernier chiffre de la ligne à 0, je n'ai plus l'erreur de `fsck` au démarrage. C'est étrange.

Mais une fois fstab corrigé, le démarrage continue à buter sur aux mêmes endroits (dbus, avahi, mariadb, etc.), il dure aussi longtemps, et j'ai les mêmes problèmes (pas de réseau ni d'interface graphique).

L'ordi démarre rapidement si je passe `init=/lib/systemd/systemd` comme paramètre à GRUB, et il utilise bien systemd, mais (comme je le disais dans mon edit), pas non plus de réseau ni d'interface graphique.

Vérifie lesquels de ces paquets sont installés, et le contenu de la ligne de commande du noyau dans /proc/cmdline.



Alors :

dpkg -s systemd


Status: install ok installed



dpkg -s sysvinit-core


Status: install ok installed



dpkg -s systemd-sysv


dpkg-query: le paquet « systemd-sysv » n'est pas installé et aucune information n'est disponible



cat /proc/cmdline


BOOT_IMAGE=/vmlinuz-4.19.0-9-rt-amd64 root=/dev/mapper/paul--vg-root ro quiet

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#6 21-09-2021 18:14:49

raleur
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Re : [Résolu] boot très lent, fsck failed, et divers symptômes

paul_bedaine a écrit :

l me semble que le "noauto" suffit (cf le man : "no auto : do not mount when "mount -a" is given (e.g., at boot time)


"noauto" empêche le montage automatique au démarrage, mais rien ne dit qu'il empêche aussi la vérification automatique.

paul_bedaine a écrit :

le paquet « systemd-sysv » n'est pas installé


D'une façon ou d'une autre, le paquet sysvinit-core a été installé et a désinstallé systemd-sysv, remplaçant systemd comme gestionnaire d'init par défaut. Tu peux examiner les logs d'apt dans /var/log/apt/ pour essayer de retrouver quand et comment.

Pour démarrer avec systemd tu peux soit ajouter "init=/lib/systemd/systemd" à la ligne de commande du noyau de façon permanente via /etc/default/grub, soit réinstaller le paquet systemd-sysv qui désinstallera sysvinit-core.

paul_bedaine a écrit :

L'ordi démarre rapidement si je passe `init=/lib/systemd/systemd` comme paramètre à GRUB, et il utilise bien systemd, mais (comme je le disais dans mon edit), pas non plus de réseau ni d'interface graphique.


Est-ce qu'il s'arrête encore en mode emergency/maintenance shell ?

Dernière modification par raleur (21-09-2021 18:15:51)


Il vaut mieux montrer que raconter.

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#7 21-09-2021 18:28:14

paul_bedaine
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Re : [Résolu] boot très lent, fsck failed, et divers symptômes

raleur a écrit :

"noauto" empêche le montage automatique au démarrage, mais rien ne dit qu'il empêche aussi la vérification automatique.



Oui, bien sûr. Je vais corriger cette ligne.

raleur a écrit :

D'une façon ou d'une autre, le paquet sysvinit-core a été installé et a désinstallé systemd-sysv, remplaçant systemd comme gestionnaire d'init par défaut. Tu peux examiner les logs d'apt dans /var/log/apt/ pour essayer de retrouver quand et comment.



Super, je fouillerai quand j'aurai retrouvé ma machine.

raleur a écrit :

Est-ce qu'il s'arrête encore en mode emergency/maintenance shell ?



Non, effectivement, j'ai oublié de le préciser, mais c'était lié à l'absence de la clé usb lors du fsck.

Merci beaucoup !

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#8 21-09-2021 18:33:47

raleur
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Re : [Résolu] boot très lent, fsck failed, et divers symptômes

paul_bedaine a écrit :

je fouillerai quand j'aurai retrouvé ma machine.


?


Il vaut mieux montrer que raconter.

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#9 21-09-2021 18:42:23

Tawal
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Re : [Résolu] boot très lent, fsck failed, et divers symptômes

raleur a écrit :

?

Tu m'étonnes !
Il y en a qui mettent le souk dans leur machine.
Mais là, je crois que c'est dedans et autour de la machine woohoo.gif


Comme la science n'est pas infuse, elle se diffuse.
Useless Use of Cat Award
Filenames and Pathnames in Shell: How to do it Correctly
À chaque problème sa solution, à chaque solution son moyen, si pas de moyen, toujours le problème !

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#10 21-09-2021 18:55:45

paul_bedaine
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Re : [Résolu] boot très lent, fsck failed, et divers symptômes

raleur a écrit :

?



Ah ah oui, c'était pas très clair, mais rassure-toi : la machine est chez moi, c'est moi qui n'y suis plus !

Tawal a écrit :

Il y en a qui mettent le souk dans leur machine.



C'était pas un groupe de musique, ça, Souk Machine ?
(désolé)

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#11 22-09-2021 08:20:27

paul_bedaine
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Re : [Résolu] boot très lent, fsck failed, et divers symptômes

raleur a écrit :

D'une façon ou d'une autre, le paquet sysvinit-core a été installé et a désinstallé systemd-sysv, remplaçant systemd comme gestionnaire d'init par défaut. Tu peux examiner les logs d'apt dans /var/log/apt/ pour essayer de retrouver quand et comment.



Eh bien les logs ont parlé : j'ai installé git-all mercredi, qui a bien installé, comme tu le prévoyais, `sysvinit-core`, et qui a retiré la floppée de paquets suivants :

Remove: libkf5kiowidgets5:amd64 (5.54.1-1), gnome-color-manager:amd64 (3.30.0-2), qml-module-org-kde-kquickcontrolsaddons:amd64 (5.54.0-1), gnome-session:amd64 (3.30.1-2), kinit:amd64 (5.54.0-1), gvfs-backends:amd64 (1.38.1-5), gnome-control-center:amd64 (1:3.30.3-2~deb10u1), kpackagelauncherqml:amd64 (5.54.0-1), ktouch:amd64 (4:18.04.1-1), chrome-gnome-shell:amd64 (10.1-5), libkf5kiogui5:amd64 (5.54.1-1), rtkit:amd64 (0.11-6), libkf5declarative5:amd64 (5.54.0-1), gnome-software:amd64 (3.30.6-5), libkf5wallet-bin:amd64 (5.54.0-1), gnome-settings-daemon:amd64 (3.30.2-3), libpolkit-qt5-1-1:amd64 (0.112.0-6), libkf5quickaddons5:amd64 (5.54.0-1), network-manager-gnome:amd64 (1.8.20-1.1), kactivitymanagerd:amd64 (5.14.5-1), gnome-sushi:amd64 (3.30.0-2), gdm3:amd64 (3.30.2-3), network-manager:amd64 (1.14.6-2+deb10u1), packagekit-tools:amd64 (1.1.12-5), libkf5bookmarks5:amd64 (5.54.0-1), kio:amd64 (5.54.1-1), gnome-disk-utility:amd64 (3.30.2-3), libkf5configwidgets5:amd64 (5.54.0-1), gnome-tweaks:amd64 (3.30.2-1), libkf5kcmutils5:amd64 (5.54.0-1), gnome-music:amd64 (3.30.2-1), udisks2:amd64 (2.8.1-4), okular:amd64 (4:17.12.2-2.2+deb10u1), gvfs-fuse:amd64 (1.38.1-5), nautilus:amd64 (3.30.5-2), task-gnome-desktop:amd64 (3.53), libkf5xmlgui5:amd64 (5.54.0-1), libkf5iconthemes-bin:amd64 (5.54.0-1), libkf5textwidgets5:amd64 (5.54.0-1), systemd-sysv:amd64 (241-7~deb10u8), libpam-systemd:amd64 (241-7~deb10u8), keditbookmarks:amd64 (17.08.3-2), packagekit:amd64 (1.1.12-5), gnome-core:amd64 (1:3.30+1), libokular5core8:amd64 (4:17.12.2-2.2+deb10u1), gnome:amd64 (1:3.30+1), gnome-shell-extensions:amd64 (3.30.1-1), policykit-1:amd64 (0.105-25), gvfs:amd64 (1.38.1-5), libkf5iconthemes5:amd64 (5.54.0-1), libkf5auth5:amd64 (5.54.0-2), gnome-shell:amd64 (3.30.2-11~deb10u2), dbus-user-session:amd64 (1.12.20-0+deb10u1), nautilus-extension-brasero:amd64 (3.12.2-5), libkf5parts5:amd64 (5.54.0-1), libkf5parts-plugins:amd64 (5.54.0-1), gstreamer1.0-packagekit:amd64 (1.1.12-5), libkf5kiocore5:amd64 (5.54.1-1), qml-module-org-kde-kcoreaddons:amd64 (5.54.0-1), gvfs-daemons:amd64 (1.38.1-5), colord:amd64 (1.4.3-4), ktouch-data:amd64 (4:18.04.1-1)



On peut se demander non seulement pourquoi j'ai installé `git-all`, mais surtout pourquoi j'ai validé tout cela.

Autres cas semblables :
https://www.reddit.com/r/debian/comment … verything/
https://unix.stackexchange.com/question … -my-system

Du coup, c'est à peu près réparé, j'ai retrouvé une machine fonctionnelle. Merci encore Raleur !

Dernière modification par paul_bedaine (22-09-2021 08:20:52)

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